El inteligente y bondadoso Kubo se gana la vida como puede contando historias tan maravillosas como fantásticas a los habitantes de un pueblecito costero entre los que están Hosato, Akihiro y Kameyo. Pero su tranquila existencia cambia de golpe cuando, accidentalmente, llama a un espíritu mítico que regresa de los cielos decidido a llevar a cabo una venganza milenaria. Kubo no tiene más remedio que huir y unirse a Mona y a Escarabajo para salvar a su familia y resolver el misterio que rodea a su deshonrado padre, el más grande de todos los samuráis que jamás ha existido. Con la ayuda de su shamisen, un instrumento mágico, Kubo se enfrenta a dioses y a monstruos como el vengativo Rey Luna y las malévolas gemelas.